長禄2（1458）年1月21日の創立。日蓮宗本山藻原寺四院家の一つ。開山妙高院日意。開基檀越上総小西城主原佐馬頭平胤継。

　長禄2（1458）年、問答の結果、禅宗より改宗。もと平賀本土寺客末であったが、のち本山藻原寺に招致され、藻原寺客末となる。以来、四院家の一つ妙宣院と称し、客席筆頭となる。
　寛文以後は藻原寺貫首の先供をする慣例になり、貫首晋山の折は必ず当山より籠にて整列する。

　また第16世日満の代に水戸家より35万石の格式の籠を賜る。
　宝暦6（1756）年、近火により焼失した庫裡方丈を再建。
　享保9（1724）年、第16世日満は梵鐘を鋳造。
　正徳5（1715）年、第15世日慈は半鐘を惣檀方中より寄進。また山門を建立し、塔中六箇の寺坊ありと記録されるが、玉林坊・法泉坊・常光坊の名称が判明するのみ。
　元禄11（1698）年、建造の七面堂、第12世日領代に建造の常唱堂、現飛地境内に第14世日祥代に建造の観音堂がある。

　特筆すべきは、日蓮聖人、御出家、立教開宗の聖地　清澄寺は当時、天台宗であったが、その後、真言宗となる。此のように大事な宗祖の聖地であるにもかかわらず、お題目を唱えることもできない時代となりました。日蓮大聖人の門下、信徒にとって、清澄寺にお参りが叶わないのは、誠に残念なことでありました。そのことを憂い、實相寺第16世日満は、清澄寺境内にせめて、お題目の宝塔壱基を建立すべく、鴨川市小湊日澄寺　檀家総代四宮家に7年間留錫され、清澄寺に日参しお願いを続けようやく建立に至りました。
　そのことが契機となり、毎年4月28日、10月13日だけは、清澄寺境内への参拝が許され、お題目を唱えられる有り難い一歩となりました。このことが後の大正年間の日蓮聖人像の建立、そして昭和24年の日蓮宗復帰につながることとなるのです。

　第40世畠山日講は、千葉県大網白里市　日蓮宗本山小西正法寺貫首に晋山。
　第41世畠山日慶は、宗祖立教開宗750年を慶讚し新本堂建立。境内整備、駐車場整備、墓地整備。
　平成20年2月　副住職　畠山義浄の日蓮宗大荒行堂成満を記念し、茂原法華七福神の一つ「毘沙門天王」を本堂前に造立。成満帰山式の折に魂入れ開眼を行い、爾来人々の信仰を大いにあつめる。
　日慶は、先代住職と同じく日蓮宗本山小西正法寺第384世貫首に晋山。

　平成27年　 副住職であった畠山義浄は、境内にある日正稲荷様の堂宇の整備を完遂。庫裡新築。茂原市高師　観音堂の再建を発願し平成28年無事に落慶円成を迎える。

　畠山義浄日僖は、平成29年　第42世住職に就任。
　今も多くの人々の悩める相談に耳を傾け、解決に向かわしめ、安心を与えている。

　實相寺本堂前に茂原法華七福神の一つ毘沙門天（明治廃物弾圧より不思議示現）をお祀りしている。