享禄2（1529）年6月5日の創立。開山は真浄院日従。茂原市茂原　日蓮宗本山東身延　藻原寺末。

　元禄9（1696）年、本堂・鐘楼・山門を建立。
　大正6（1917）年、台風により鐘楼堂倒壊。
　大正12（1923）年、関東大震災により本堂倒壊。山門・庫裡半壊。
　昭和9（1934）年に本堂再建。庫裡・山門改築。戦後3町歩の農地開放。
　明治41（1908）年、君津市内　蓮長寺を吸収合併。
　昭和45（1970）年、君津市内　中島本行寺を吸収合併。

　境内には瘡守稲荷（かさもりいなり）を祀られている。この稲荷様は、近県の日蓮宗寺院では、東京都台東区谷中　大圓寺、東京都大田区池上　日蓮宗本山大坊本行寺にもお祀りされている。当地では珍しき法華守護神である。

　先代住職は、日蓮宗千葉県西部宗務所長の任をつとめる。
　現燈豊島晴明は、本堂屋根瓦葺き替え、庫裡建設、墓域拡張整備に尽力。

　令和元年6月22日（土）、妙浄寺を会場に、地元　日蓮宗千葉県西部宗務所　6組地区
（木更津市・富津市・君津市・袖ケ浦市）寺院連合会主催にて　第37回『信行の集い』が開催される。
　当日、
　午後2時　妙浄寺開創500年記念慶讃法要
　午後3時　法話「宗祖降誕800年に向けて」　
　　　　　　講師　土井了真師　長生村本郷　法輪寺住職
　　　　　　　　　　　　　　　前日蓮宗千葉県西部宗務所長
　午後4時　清興「日本舞踊」
　　　　　　演者　若柳汎哉先生
　午後4時40分　閉式

　地域の檀信徒が集い、お題目の信仰を深めさせていただきました