正応元（1288）年の創立。開山中老僧日秀。開基日徳。
　茂原市茂原　日蓮宗本山東身延　藻原寺の四院家（しいんげ）の一時院としての旧跡であり、小西法縁の寺院。

　文永4（1267）年秋、宗祖日蓮大聖人が上総埴生郡墨田　藻原笠森稲荷堂に宿泊した。墨田の領主高橋次郎時忠は、自邸に宗祖日蓮大聖人をお迎えし教化を受け弟子となった。のちに一宇を建立して宗祖を開山と仰ぎ、妙福寺を創立。
　宗祖身延輪踏地の霊跡であり、また当国宗門最初の霊場である。

　中老僧日秀は藻原寺第3世へ。第5世に至るまで藻原寺と両山一体で本山貫首の兼職であった寺院である。
　日秀は後醍醐帝より常在院の勅号を賜り、伝えて南朝の忠臣寺といわれる。

　永禄年間（1558-1569）にもっとも隆盛し、元禄9（1696）年に山門・鐘楼を建立、同16（1703）年大地震により堂宇壊滅。

　宝永2（1705）年に客殿諸尊を再興した。
　天保年間（1830-1843）、代官原田作九衛門（法号妙源院）の帰依により再興。妙源寺と改称。

　その後、明治初年に至り荒廃し堂宇破損。
　明治33（1900）年に高橋喬遷が本堂新築・庫裡改修、鐘楼を再建。
　第43世増田宝俊は、庫裡を新築。境内整備、山門を銅葺き屋根に改修する。本山藻原寺第90世加歴。

　茂原法華七福神・寿老人を奉安している。

現住職は、第44世増田寳泉。
本山 藻原寺貫首。