嘉暦4（1329）年1月13日の創立。開山九老僧日行。

　鎌倉の石井長勝が公務在番中に休憩した地。
　日行がここに一宇を建て妙音院を開創。
　その後、大塔宮護良親王の子日叡が第3世となり国祚長久の誓願により山号を長久山。
　神奈川県鎌倉の長勝寺の頭字をとり寺号を妙長寺と公称。

　君津市浦田　妙長寺、市原市八幡　妙長寺、そして木更津市真里谷　妙長寺の上総三妙長寺の一つ。

　現在、木更津市中央　光明寺住職が代務をする。